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Il constitue l’une des garanties du contribuable. Il doit impérativement être demandé dans les 30 jours de la réponse aux observations du contribuable. Ce recours doit être demandé car il constitue une garantie du contribuable dont la violation annule la procédure et cela même si certaines questions ne sont pas de la compétence de cette commission car ces questions de compétence sont parfois si floues que le fisc lui-même ne prend plus le risque de ne pas faire suivre la demande et attend que la commission se prononce elle-même sur sa compétence. Cette commission prend plusieurs appellations selon les sujets abordés : « commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires » ou « commission de conciliation » s’il s’agit d’un problème de valorisation ou « comité consultatif » s’il s’agit du crédit impôt recherche CIR. Ces commissions sont composées d’un Magistrat du Tribunal Administratif (Président), de membres du service fiscal et de membres de la «société civile » (représentants CCI, experts-comptables, notaires) dont un membre peut être désigné à la demande du contribuable s’il émane d’un organisme professionnel ce qui peut être utile pour éclairer la commission sur les caractéristiques de telle ou telle activité (articles 1651 et suiv CGI).

La compétence de la commission des impôts directs est limitée à des questions de fait : par exemple, le caractère probant et sincère de la comptabilité, ou encore le caractère irrécouvrable d’une créance ou encore le montant des rémunérations des dirigeants de société. Les questions relevant de sa compétence portent sur la détermination du résultat industriel et commercial ou non commercial et agricole, sur les actes anormaux de gestion ou le montant des amortissements et des provisions. Pour l’IS, elle est compétente pour la détermination des résultats imposables quelle que soit la nature de l’activité de la société et, pour la TVA elle est compétente uniquement pour la détermination du chiffre d’affaires et la détermination de la valeur vénale des biens, mais elle ne l’est pas pour le droit à déduction de la TVA. Elle est compétente pour les mesures d’exonération pour les entreprises nouvelles. Mais elle n’est pas compétente pour la détermination des revenus de capitaux mobiliers ou des plus-values de cession de droits sociaux.

La commission de conciliation est quant à elle compétente pour toutes les questions d’évaluation ayant servi de base aux droits d’enregistrement, à la taxe de publicité foncière ainsi qu’à l’impôt sur la fortune immobilière.

Ces commissions délivrent des avis que le fisc suit le plus souvent sans toutefois y être obligé. Si ces avis ne sont pas suffisamment motivés, la Cour de cassation considère que l’omission entraîne l’irrégularité de la procédure et l’annulation de l’imposition pour ce qui concerne les éléments soumis à son avis (Cass. Com. 21 octobre 1997, req. 95-17689 ; 13 novembre 2003, req. 01-16712).